Nicolò Rusca naquit à Bedano, un petit village aux alentours de Lugano, en avril 1563. Son père, Giovanni Antonio, et sa mère, Daria Quadrio, tous deux appartenant à de nobles familles de la région de Côme et du Tessin, confient sa première instruction à Domenico Tarilli, curé de Comano. Après avoir appris les fondements de la grammaire et de la rhétorique ainsi qu’une éducation fortement imprégnée de l’esprit religieux catholique le plus traditionnel, Rusca continue ses études, d’abord à Pavie, puis au collège des jésuites à Rome.